污染是细胞培养的大敌。防备和避免污染是细胞培养成功的关键之一。一开端就要十分重视，避免污染，不然会前功尽弃，不只糟蹋时间，并且糟蹋人力、物力，乃至构成无法弥补的丢失。 细胞培养中常见的生物污染类型有 7 种，分别是细菌污染、支原体污染、原虫污染、黑胶虫污染、真菌污染、病毒污染以及非细胞污染。他们在细胞培养中污染的特色如下：
1. 细菌：细菌在一般倒置显微镜下为黑色细沙状，根据感染细菌的不同，可有不同的外形，培养液一般会污浊变黄，对细胞成长影响显着。
2. 支原体：黑色的，好象多为多形，培养液一般培养液一般会污浊，原体感染，国内血清许多都没有做支原体阴性检测，而支原体是牛血清中最常见的微生物之一。并且它不能用过滤的方法除掉。支原体感染细胞今后，细胞病变不很显着，仅仅渐渐死去。
3. 黑胶虫：能够穿透滤膜，也能够经过空气传达，低倍下为黑色点状，高倍下可看见黑色的小虫游来游去，培养液也是不浑的，一般不会太影响，细胞仍是能够用的。常常是细胞成长状况杰出，且观测到的运动物无显着增多，且培养液颜色、透明度无显着变化，可在同一批号的血清养的细胞中发现类似现象。对细胞成长状况不会有显着影响，在细胞增殖旺盛之后会自然消失，除替换血清外无须特别处理。
4. 真菌：一般培养液清亮，不变色，镜下有丝状物，有些真菌开端很像死细胞碎片，仅仅它许多许多的小块很清楚，象珊瑚状，不象细胞碎片分不清，渐渐的会长出很细的黑色丝状物。真菌成长的比较慢，不象细菌那么简单被发现，可是一旦发现有它的存在细胞就被污染了，也很难救活了。
5. 原虫：培养液可细微污浊，显微镜下那些细微的点状物数量十分多，细微活动，细胞虽然能够成长但繁衍速度却显着减慢，并且细胞状况欠好，边际不清楚，细胞不透亮。他们与细胞可共生但会与细胞抢夺养分。这种共生是十分遍及的，但他们的数量小，细胞站优势所以不会影响到细胞的正常成长，只有当他们抵达必定的数量时就会影响到细胞的成长，终究构成恶性循环。
6. 病毒：安排细胞培养过程中，假如没有除掉潜在的病毒，就会发作病毒污染。现在，从原代猴肾细胞的培养中已发现不少于 20 种血清性病毒。 虽然病毒污染的细胞不影响原代培养，但出产疫苗是不安全的。因而，潜在病毒是细胞大量出产和疫苗、干扰素等生物制品制作中的难题
7. 非同种细胞污染 ：便是细胞穿插污染，因为细胞培养操作时各细胞株所需的器件和溶液没有严格分开，往往会使一种细胞被另一种细胞污染。现在，世界上已有几十种细胞都被 HeLa 细胞所污染，致使许多实验宣告无效。非细胞培养物所构成的化学成分的污染也偶有发作，大多是因为细胞培养所需物品清洗消毒不完全而带入一些有毒化学物质所造成的。 在上述的八种污染物中，黑胶虫是现代细胞培养中评论比较多的，但大多数文献未对其进行描绘或一带而过，就像上面关于描绘黑胶虫的状况是不完整，还有许多不明的状况。对其身份有多种猜想，到现在都没有权威地对黑胶虫进行分类学上的归类。黑胶虫究竟是不是一种生物，假如是那黑胶虫会是何种生物，假如不是，那黑胶虫会是什么？一系列的问题都悬在斗争在细胞生物学范畴的学者们的心中。